两个字意思一样，如果现在写文章，用哪个是没有区别的。但从作者的角度看，他用的是阴，因为旧诗里，荫多数读作去声，读平声的例子较少。

得得逢清荫，休休憩片时。
绿荫凉过伞，黄泥晒作埃。
莫以甘棠南国荫，便忘萱草北堂诗。
不为暑窗添午荫，却来愁枕作秋声。
碧豆密争桑荫底，緑荷杂出稻花中。

杨万里的诗用到荫字，都是读去声的，无一处读平声。

树

阴

水

为了合乎近体诗的规则和自己的习惯，杨万里在这里用阴，而不用荫。