许可证申请流程如下：受理，审核，实地核查，决定，制证，发证，归档。首先注册账号企业，点击在线申办，网上提交电子材料。然后到行政服务中心综合窗口交纸质材料，纸质通过后会联系实地核查。核查通过后，等候决定，制证，发证，通知到行政服务中心综合窗口领取《农业经营许可证》。

法律依据：《农药经营许可管理办法》

第三条　在与中华人民共和国境内销售农药的，应当取得农药经营许可证。

第四条　农业部负责监督指导全国农药经营许可管理工作。限制使用农药经营许可由省级人民政府农业主管部门（以下简称省级农业部门）核发；其他农药经营许可由县级以上地方人民政府农业主管部门（以下简称县级以上地方农业部门）根据农药经营者的申请分别核发。